Com o novo Regulamento-Geral, outra estrutura foi criada. Antes, cada ramo do MPU administrava o Plan-Assiste de forma autônoma, sendo a subordinação apenas ao Conselho Deliberativo. Agora, o Plan-Assiste em cada ramo está subordinado também ao Conselho Gestor, órgão responsável pela gestão do Programa. 

• Conselho Deliberativo e Conselho Gestor
  A instância máxima de decisão do Plan-Assiste continua sendo o Conselho Deliberativo, que é formado pelos procuradores-gerais dos ramos e presidido pelo Procurador-Geral da República. A novidade é a criação do Conselho Gestor, que é composto pelos diretores-gerais dos ramos e presidido pelo Secretário-Geral do MPU. Sua finalidade é estabelecer as políticas e diretrizes gerais da gestão do Programa. Com a nova estrutura, as Diretorias Executivas do Plan-Assiste nos ramos passam a ser subordinadas ao Conselho Gestor. 
• Comissão Diretora
  Criada pelo novo Regulamento-geral, a Comissão Diretora é formada pelos Diretores Executivos dos ramos e coordenada por um dos Diretores, nomeado pelo Conselho Gestor, responsável por liderar as ações a serem implementadas. 
• Câmara Técnica de Saúde
  Instância consultiva e deliberativa que tem a finalidade de orientar e subsidiar a formulação de políticas de saúde a serem implementadas pelo Plan-Assiste. Formada pelo Secretário da SSI/Saúde, por representantes dos quatro ramos e por uma assistente social.
• Conselho Administrativo
  Instância consultiva e opinativa dos rumos do Plan-Assiste. Formada por representantes das entidades de classe dos membros e servidores do MPU e também por representantes da Secretaria de Planos e Orçamento (SPO), AUDIN (Auditoria Interna do MPU) e da Comissão Diretora, com a finalidade  de promover e fomentar o desenvolvimento do Programa.
• Órgãos de assessoramento
  O novo Regulamento cria a Assessoria de Estudos e Projeções Atuariais, o Núcleo de Normas e Assistência Jurídica e a Câmara Técnica de Saúde como órgãos de assessoramento do Conselho Deliberativo, do Conselho Gestor e da Comissão Diretora.
• Criação do cargo de Analista Atuarial
  Outra inovação no Plan-Assiste foi a criação do cargo de analista atuarial. Cabe ao atuário, por meio de análises de dados e aplicações matemáticas e estatísticas,  mensurar e administrar riscos financeiros a longo prazo. Por isso esse profissional tem fundamental importância para instituições que trabalham com seguro, entidades de previdência complementar, fundos de pensão, além de operadoras de plano de saúde. O Plan-Assiste, apesar das peculiaridades de uma entidade de autogestão pública, também está sujeito a um risco financeiro futuro que precisa ser estimado e gerenciado para a manutenção da saúde financeira do programa.